对于您的问题，答案是肯定的。在出口马来西亚时，您完全可以同时为同一批货物办理FORM E和CO。客户要求提供这两种证书是合理的，因为它们各自有不同的作用，有时进口商的清关规定会同时要求两者。

您在网上看到“一份发票对应一份原产地证”的说法，通常指的是一份原产地证（如CO）可以覆盖多份发票（例如，一个集装箱内的不同批次货物）。同样，FORM E也是为一批货物签发，而不是为每一张发票单独签发。因此，对于您只做一份发票的情况，您完全可以同时办理这两种不同的原产地证书。这并不会冲突，反而可能正是客户清关所需。

FORM E，全称是“FORM E Certificate of Origin”，是马来西亚政府为了促进贸易而设立的一种优惠原产地证书。它主要用于证明货物符合享受特定关税优惠的条件，例如零关税或低关税。而CO（Certificate of Origin）则是一般原产地证书，用于证明货物是原产于马来西亚，以避免被征收更高的进口关税。在很多情况下，进口商为了确保货物享受最优惠的关税待遇，会同时要求提供这两种证书。

在实际操作中，出口商需要将相关单据（如发票、装箱单、合同等）提交给其指定的认证机构进行审核。该机构在确认信息无误后，会为这批货物签发正式的FORM E和CO。通常，出口商会将这两份证书随其他出口文件（如提单、发票、装箱单）一起发送给进口商，以完成清关手续。因此，您无需担心只能办理一种证书的问题，完全可以满足客户的要求。

需要注意的是，出口商必须使用其官方指定的认证机构（例如，马来西亚标准机构SIRIM或其授权的代理机构）来办理。申请过程中可能需要支付一定的认证费用，并且需要预留足够的时间来处理申请，以确保在货物发货前证书能够及时签发。