您遇到的情况在操作中确实比较常见。首先，需要明确的是，HS CODE，即海关合作理事会商品分类编码，其标准格式通常为6位数字。您在系统中输入的6位代码是符合标准的。

然而，CO产地证作为国际通用的出口证明文件，其格式和内容会遵循一定的国际惯例和国内规定。在生成确认件时，系统可能会对HS代码进行标准化处理。

这就是为什么您会看到确认件上只有4位HS代码。通常，系统会将HS代码的前4位作为主分类代码，而后续的数字作为更细分的子类。例如，如果您的HS代码是“11021900”，那么CO上可能只显示“1102”作为主要代码。这并非意味着系统不支持6位代码，而是为了简化显示，并符合国际通行的分类习惯。

建议您可以检查系统内是否有关于HS代码显示格式的设置。有些系统可能提供“显示完整代码”或“显示标准代码”的选项。如果确认系统设置正确，那么最终生成的CO文件（如Form A）上可能就是按照国际标准，只显示前4位。您可以尝试联系商检局的系统支持，询问具体的编码规则和文件生成逻辑。

总结来说，商检局系统内部是支持输入6位HS代码的，但最终在CO产地证上的显示可能根据标准简化为4位。这主要是为了符合国际惯例和简化文件，并不会影响其法律效力。