首先，需要明确的是，原产地证并非必须由货物所在地或公司注册地的机构办理。它是一种国际通用的证明文件，其法律效力由签发国家或地区的官方机构（如中国的国家质量监督检验检疫总局或海关总署）背书。您浙江的贸易公司可以将相关单据（如商业发票、装箱单、合同等）提交给广东的代理公司。代理公司会代为向其所在地的相关机构进行申请和审核。需要注意的是，虽然异地办理是可行的，但在提交单据时，需要确保所有信息准确无误，特别是公司名称、税号、商品描述等，以避免审核不通过。一旦由官方机构签发，这份原产地证在法律上是具有同等效力的。因此，您完全可以通过广东的代理公司来办理，所获得的原产地证完全可以正常用于客户清关，客户不会因为其办理地与货物或公司所在地不同而出现问题。