是的，我们完全可以为您办理新版RCEP原产地证书，用于出口日本。您提到的业务模式，即服装从上海出口，面料从台湾进口，属于典型的间接贸易或加工装配贸易。这并不影响您获得中国原产地资格。

根据RCEP协定中的原产地规则，即使您的服装生产过程中使用了来自其他成员国的原材料（如台湾的面料），只要符合特定的原产地标准，您的服装仍可被视为中国原产。关键在于确定服装的HS编码（海关商品编码）和所经过的加工工序。

通常，对于服装这类产品，原产地标准会根据其HS编码和具体的加工工序来确定。例如，如果您的服装属于“加工工序复杂”的类别，可能需要计算增值百分比。我们会根据您的具体产品代码和贸易流程，为您选择最合适的原产地标准，确保符合日本海关的要求。

办理流程通常包括：收集您和合作工厂的详细资料，如公司注册信息、贸易合同、发票、装箱单等，然后根据RCEP规则进行原产地判定。我们会协助您整理这些材料，并提交给认证机构进行审核。

总而言之，虽然您的服装使用了台湾的面料，但通过正确的原产地证明，完全可以将服装的产地视为中国。这不仅能满足日本客户的要求，还能帮助您享受日本市场对RCEP成员国的优惠关税。我们建议您提供具体的产品HS编码和贸易细节，以便我们为您提供更精准的方案。