在处理中韩自由贸易协定（中韩FTA）原产地证时，产地证上的HS CODE通常应与报关单上的编码保持一致，以确保海关和商检局能够准确核实产品信息。然而，在实际操作中，如果客户有特殊要求，例如需要将产品归类为不同的HS编码以获得更优惠的关税或满足特定市场标准，那么产地证上的HS编码与报关单上的编码不一致的情况是可能发生的。这通常需要通过专业的认证机构来处理。

具体来说，当您遇到客户要求产地证上显示特定HS CODE，而您实际报关时使用的是标准HS CODE时，您可以向专业的认证机构申请出具一份符合客户需求的产地证。该机构会根据客户的申请和贸易合同，对产品进行重新分类，并出具一份新的产地证，其上的HS编码与客户要求的一致。您随后可以将这份由认证机构出具的产地证提交给当地商检局，以完成原产地证的申请。这样做可以解决因HS编码不一致而导致申请被拒的问题，确保您的贸易顺利进行。