当一家公司从不同供应商或工厂采购同一种商品，并计划将它们合并出口时，一个常见的问题是关于原产地证的数量。原产地证是国际贸易中至关重要的官方文件，用于证明货物的原产地。

对于您的情况，即从两个不同的工厂采购波纹管，通常需要为每个工厂分别开具原产地证。这是因为原产地证是针对特定生产地的官方证明，每个工厂作为独立的供应商，都需要其自身的证明文件来确认其产品符合原产地标准。

然而，也存在一些例外情况。如果两个工厂属于同一个集团或母公司下的不同子公司，并且印尼海关接受集团内统一的原产地证明，那么可能只需要一份联合原产地证。但这需要根据印尼的具体规定以及供应商之间的协议来确认。

在您的案例中，由于您分别从两个不同的工厂采购，并且最终将它们作为同一批货物出口给印尼客户，最稳妥的做法是向两个供应商分别申请原产地证。这可以确保每份文件都正确地反映了其对应的工厂和产品。

建议您在处理此事时，首先与两个工厂的供应商进行沟通，明确他们各自的原产地证格式和所需信息。同时，可以查询印尼海关关于进口波纹管的原产地规则，以确保您的申报完全符合要求，避免任何潜在的贸易壁垒或清关问题。