您遇到的情况在首次出口越南的贸易商中较为常见，属于对当地海关和贸易流程的细节理解不够深入。您目前面临的核心问题是关于出口单证中不同抬头（抬头）的匹配问题。

在越南的出口贸易中，FORM E（越南原产地证）和提单（Bill of Lading, B/L）作为核心单证，其上的发货人信息需要保持一致。这是因为这些单证是证明货物从中国出口到越南的官方文件，用于海关清关和原产地证明。通常，FORM E的抬头（即出具方）是您找的代理公司，而提单的发货人则是您的公司。如果两者不一致，可能会引起海关的质疑，影响通关效率。

您之前用自己公司的抬头进行了报关，这本身是合法的，但根据客户的要求，FORM E必须由代理公司出具。这就导致了FORM E的抬头（代理公司）与提单的发货人（您的公司）不匹配。这种情况确实存在一定的风险，特别是对于需要退税的货物。海关和税务部门在审核时，可能会将报关单（您自己公司的抬头）与FORM E（代理公司的抬头）进行比对，如果发现抬头不一致，可能会对您的退税资格产生疑问。

为了确保顺利通关并正常办理退税，最稳妥的做法是：在您与客户确认好所有细节后，由代理公司重新为您办理报关手续。也就是说，报关单的抬头也应该是代理公司的。这样，报关单、FORM E和提单的抬头就全部一致了。如果已经完成报关，且货物已成功运抵越南，那么可能需要向海关进行解释说明，并可能需要提供额外的证明文件来证明货物确实是由您公司出口的。不过，从操作流程上讲，从一开始就保持所有单证抬头的一致性，是避免此类问题的最佳方式。