首先，需要明确的是，Form E（出口货物报关单）上的开船日期与提单上的日期通常应保持一致，这是确保货物真实出口并满足海关和税务要求的关键。如果Form E上的开船日期与提单上的on board date不一致，尤其是在Form E日期早于实际装船日期的情况下，可能会引发一系列问题。

对于客户清关而言，不一致的日期通常不会直接导致清关失败，但海关可能会对货物进行更严格的审查，并要求出口商提供合理的解释。这可能导致清关流程的延迟。对于办理退税而言，这是最需要关注的问题。如果Form E上的开船日期早于实际装船日期，退税机构可能会认为货物出口时间晚于Form E上显示的时间，从而导致退税申请被延迟处理，甚至可能被拒绝。因此，这种不一致性对退税的及时性影响较大。

针对您遇到的情况，即船期延误导致Form E已办理完毕，而提单日期晚于Form E上的开船日期，建议您立即采取以下措施：首先，与客户沟通，说明船期变更的原因，并请求其理解可能出现的延迟。其次，向海关和退税机构提供详细的说明，包括船期变更的证明文件（如船公司通知、修改后的提单副本等），解释Form E上的日期是基于原计划，而实际出口日期已推迟。最后，密切关注海关和退税机构的反馈，并根据其要求提供额外文件。虽然这可能会造成一些不便，但及时、透明的沟通可以最大程度地减少负面影响。