当您的提单上shipper为香港的离岸公司，但货物实际从内地工厂生产并发出时，一个常见且重要的操作是，在提单上填写内地工厂的真实地址。这通常是为了便于国内物流和海关申报。

关于是否可以办理巴基斯坦的FTA产地证，这需要根据产地证的具体类型（如Form E或Form F）以及巴基斯坦海关的特定规定来判断。通常，产地证需要证明货物的生产地或原产地。如果工厂是实际生产地，那么将工厂地址填写在提单上，可以作为一个有效的佐证。

从清关角度来看，只要巴基斯坦海关能够确认货物与所提供的产地证相符，并且符合FTA的规则，那么客户通常可以顺利清关。关键在于产地证本身的有效性和真实性。如果产地证能够成功证明货物享受了巴基斯坦的关税优惠，那么客户就能获得相应的关税减免。

总结来说，在绝大多数情况下，将内地工厂的真实地址作为提单上的发货人地址，配合有效的FTA产地证，是能够帮助客户顺利清关并享受关税优惠的。然而，由于不同国家的海关政策可能存在细微差别，建议您在操作前，咨询巴基斯坦海关或专业的报关行，以获取最准确的指导。