对于您描述的情况，即提单的shipper是HONGKONG公司，而货物是从不同工厂采购的，通常有两种主要方式来办理RCEP原产地证明。第一种，也是最常见的方式，是通过专业的机构进行合并申报。这意味着您可以将来自多家工厂的货物合并到一张发票和一份装箱单上，然后以shipper（即香港公司）的名义申请原产地证明。这避免了为每家工厂分别办理产地证，大大简化了流程。

具体来说，需要准备一份“合并发票”。这份发票需要详细列出所有供应商的名称、地址、HS编码以及各自的货物品名、数量和原产地情况。同时，还需要提供一份声明，证明所有供应商的货物都符合RCEP的原产地标准（例如，完全获得自成员国，或通过加工增值等）。这个合并的文件需要由所有供应商共同确认，并由shipper（香港公司）统一提交给认证机构。

通常，您会委托一家专业的报关行或认证机构来处理这项工作。他们会协助您整理合并后的文件，并确保所有细节都符合RCEP的规则。虽然您可以选择自行办理，但由于RCEP的规则相对复杂，特别是关于原产地标准的判定，委托专业机构可以降低出错的风险，确保产地证的准确性，避免后续的退运或补税问题。

需要注意的是，所有货物的HS编码和原产地标准必须保持一致。如果不同工厂的货物属于不同的HS编码或需要不同的原产地标准，合并起来可能会比较困难，甚至可能不被接受。因此，在采购阶段就与供应商沟通，确保所有货物都符合统一的RCEP原产地标准，是办理成功的关键。总结来说，对于多家工厂供货的情况，通过shipper（香港公司）名义，委托专业机构办理合并申报，是办理RCEP原产地证明的可行且高效的方式。