您面临的情况属于国际贸易中常见的“转运”问题。具体来说，您的货物从深圳出发，经过香港的货代中转，最终运抵澳大利亚。然而，在申请中澳自由贸易协定（FTA）产地证时，出现了起运港的矛盾。因为中澳FTA产地证的规则明确要求，产地证上的起运港必须为大陆港口，而您目前的提单显示为香港，这导致产地证无法直接满足客户要求。

那么，针对“货物从深圳经过香港去澳洲”这一路径，如何正确出具符合要求的产地证呢？通常，有两种解决方案。第一种方案是，您需要与货代沟通，看是否可以调整运输安排，将货物直接从深圳运至澳大利亚，从而在提单上显示为大陆港口。如果货代无法直接操作，第二种方案更为常见，即申请其他类型的产地证，例如，先申请一份中国-澳大利亚自由贸易协定（FTA）原产地证明书，但需要明确说明货物是从深圳出发的，并且运输路径为“深圳→香港→澳洲”，在文件中注明实际起运港为深圳，并附上香港中转的证明文件。这需要向相关机构（如中国检验检疫机构）提供详细的运输单据作为支持。

总结来说，解决问题的关键在于确保产地证上的起运港信息与中澳FTA产地证的官方要求相匹配。您可能需要重新评估货物的运输路径，或者与货代和检验检疫机构协作，提供符合规定的文件。建议您尽快与货代和检验检疫机构联系，获取更具体的操作指引，以确保顺利为澳大利亚客户出具有效的产地证。