是的，产地证可以异地办理。这通常指的是，申请人（即出口商）的注册地与货物实际生产地不在同一个地方。对于您的情况，由于您的货物是从中间商采购的，您可以将中间商作为出口商信息进行申报，因此产地证可以由您在广东的代理机构或您自己办理，而不需要您在印尼的工厂直接参与办理。

关于工厂没有备案的问题，这通常不是问题。产地证的核心是证明货物的原产国，而出口商（即中间商）的资质和备案情况更为关键。只要中间商有合法的出口经营权，并且其提供的货物信息（如HS编码、原产地标准等）符合要求，即使生产工厂本身没有直接参与产地证的备案，产地证也是可以办理的。产地证上会注明“中间商”作为出口商，并注明实际生产工厂的信息。

办理流程通常包括：首先，准备相关单据，如商业发票、装箱单、合同、提单等。然后，向海关或指定机构提交申请，并填写原产地证申请表。在填写时，需要准确提供货物的HS编码、原产地标准（如W/CO、F/A等）以及出口商和生产商的信息。由于您出口到印尼，还需要考虑印尼的进口要求，可能需要提供一些额外的证明文件。

总结来说，您完全可以通过在广东的机构办理产地证。关键在于确保中间商的资料准确无误，并且货物信息符合印尼的原产地规则。建议您与专业的报关行或咨询机构合作，他们可以帮助您整理资料，选择正确的原产地标准，并提交申请，以确保顺利获得符合印尼要求的产地证。