您提出的问题非常关键，涉及智利FORM F产地证与实际发货记录的匹配性。根据国际贸易和海关管理的原则，产地证文件与实际货物清单的完全一致是确保清关顺利、避免合规风险的基本要求。

对于您提到的“部分产品做产地证，一部分不做”导致不一致的情况，通常情况下，这并不符合海关对原产地证明文件的管理规定。智利海关在审核FORM F时，会严格核对文件中列明的商品信息、数量和金额与实际进口的货物是否相符。

虽然可能存在一些特殊情况，例如部分货物因贸易政策或合同条款不需要原产地证明，但直接将部分货物从产地证中剔除的做法，在操作上存在一定风险。这可能导致海关怀疑您存在申报不实或试图规避相关义务的行为。

如果不一致的情况被海关发现，可能会导致以下后果：清关延误、货物被扣留、征收额外税费或罚款，甚至可能对您的贸易记录产生负面影响。因此，从合规角度出发，保持产地证与实际发货的完全一致是最佳实践。

通常，智利海关会要求在发现不一致时进行修正。如果您的产地证已经签发，可能需要联系签发机构（通常是智利出口商协会或其授权机构）申请更正或补充。不过，在提交产地证前，确保其内容与发票、装箱单等单据完全一致，是避免后续问题的首要步骤。

总结来说，为了确保您的货物能够顺利清关并避免任何不必要的麻烦，最稳妥的做法是在制作和提交FORM F时，确保其列明的箱数和金额与实际发货的完全一致。如果确实需要区分部分货物是否需要产地证，应首先确认相关贸易条款或咨询智利海关的官方指南，并据此调整您的操作流程。