您遇到的情况在进出口业务中确实比较常见。当提单上的货物描述与申请的原产地证上的货物描述不一致时，是否会影响到清关，需要根据具体的海关规定来判断。这涉及到原产地证和提单在清关流程中的不同作用。

首先，原产地证的主要作用是证明货物的原产地，以享受进口国的关税优惠或符合进口国关于原产地的特定要求。而提单货描则主要用于描述货物的具体内容，以便于运输和交付。从逻辑上讲，两者可以有所侧重，不一定完全一致。例如，提单可能列出了所有包装件，而原产地证可能只针对其中符合原产地标准的产品。

在很多情况下，海关会允许原产地证与提单货描不一致。只要原产地证上列明的产品能够被海关从整体货物中识别出来，并且符合原产地证申请的规则，通常就不会有问题。特别是当客户明确要求只针对部分产品办理原产地证时，只要这些产品的原产地能够被证明，海关一般会予以接受。

然而，如果这种不一致导致海关怀疑货物存在欺诈行为，或者违反了进口国的海关法规，那么就可能引发问题。例如，如果提单显示的是混合货物，但原产地证只针对其中一种，而海关发现其他货物来自非原产国，就可能被视为申报不实。在这种情况下，货物可能会被扣留，并可能面临罚款或处罚。

为了确保顺利清关，您建议采取以下步骤：首先，仔细查阅菲律宾海关关于FORM E产地证的具体规定，特别是关于货物描述和原产地证明的条款。其次，可以与菲律宾海关的官员进行沟通，明确告知情况，并请求确认是否可以接受部分产品的原产地证。最后，确保在清关时，能够向海关提供充分的证明材料，以证明货物的真实性和原产地。

总而言之，原产地证与提单货描不一致是否可以清关，关键在于是否符合相关海关的法规和规定。通常，如果处理得当，客户要求的部分产品原产地证是可以被接受的，但需要做好充分的准备，并预留出与海关沟通的时间。