根据中韩自由贸易协定（中韩FTA）的规定，这种情况通常是允许的，并且不会影响您享受韩国进口关税优惠。关键在于您作为贸易公司，是否具备代表生产厂家申请原产地证书的资格。

在中韩FTA的规则中，原产地证书的签发方可以是贸易公司，前提是该贸易公司是生产者的独家或主要经销商。也就是说，生产厂家和贸易公司之间需要存在明确的代理或经销关系，贸易公司才能以生产者的名义申请原产地证书。

因此，只要您的贸易公司与生产厂家签订了正式的贸易合同，并且合同中明确了贸易公司有权代表生产厂家办理相关出口手续，包括申请和提交原产地证书，那么在韩国清关时，即使提单上的发货人是您的贸易公司，原产地证书上的出口商是生产厂家，也不会产生问题。

需要注意的是，韩国海关会核查原产地证书上的信息与实际贸易关系是否一致。如果贸易公司能够提供充分的证明文件，如代理协议、贸易合同等，证明其与生产厂家之间存在合法的委托关系，那么关税减免的资格将得到确认。

总结来说，只要您的贸易公司具备合法的代理资格，并且原产地证书的签发符合中韩FTA的规定，那么提单抬头与原产地证书抬头不一致的情况不会影响清关和减税。建议您在操作前，向中国的检验检疫机构咨询确认，并确保所有单据的填写符合官方要求。