您描述的这种情况在跨国贸易中确实较为常见，涉及多个参与方和环节，处理起来需要仔细区分角色和责任。办理FORM A产地证时，核心在于明确发货人、收货人以及原产地。

首先，发货人应填写您的公司。因为您是最终将货物从中国出口的实体，承担了主要的出口责任。虽然合同和提单由香港子公司签署，但您是实际发货方。

其次，收货人应填写西班牙客户。这是货物的最终目的地和接收方，符合国际贸易中收货人的定义。香港子公司作为中转方，在产地证上通常不作为收货人。

原产地应填写中国。因为货物是在中国生产或组装的，即使通过香港中转，其最终原产地仍为中国。香港子公司可能作为中转方，但产地证的原产地信息应基于货物实际生产地。

关于您提到的两套商业发票和装箱单，应确保最终用于西班牙客户的文件信息与您的公司信息一致。通常，西班牙客户会提供其所需的发票和装箱单，您需要根据他们的要求来准备，并确保所有数据（如商品编码、数量、重量等）与您的公司提供的资料完全匹配。

具体办理步骤建议如下：

• 确认发货人信息：在FORM A的“发货人”栏填写您公司的完整名称、地址、联系方式等。
• 确认收货人信息：在“收货人”栏填写西班牙客户的名称和地址。
• 确定原产地：在“原产地”栏选择并填写“中国 (CN)”。
• 核对商品信息：根据您提供的两套文件，核对并填写商品的具体信息，包括HS编码、数量、单价、总金额等。

建议在提交前，可以参考美国海关的官方指南，或咨询当地海关的办事人员，以确保所有信息符合要求。不同海关对于中转贸易的产地认定可能略有差异，提前确认可以避免后续问题。如果香港子公司在贸易流程中扮演重要角色，可能需要向其提供部分单证信息，以协助完成中转环节的报关。最终，确保所有单证上的信息逻辑自洽，并符合西班牙客户和目的港海关的要求。