您遇到的问题非常典型，也是许多出口企业容易混淆的地方。在处理海关单证时，特别是产地证（如您提到的FORM E），对包装单位的描述要求非常具体和准确。海关需要明确知道货物的具体包装情况，以便进行清关和统计。

您提到的“包装单位”被拒绝，主要是因为“Packages”这个术语过于笼统。它通常指代的是同一种标准包装，比如所有货物都是用“纸箱”包装的。而您的货物存在“纸箱”和“木箱”两种不同的包装，直接使用“PACKAGES”作为总包装单位，无法准确反映货物的实际构成，因此被审核人员判定为不符合规范。

针对这种情况，您需要采取以下步骤来解决问题。首先，您需要向您的产地证申请机构（通常是出口商所在地的商会或认证机构）说明情况，并重新提供准确的包装信息。通常，正确的做法是按比例或按价值分别列出两种包装的数量。

例如，您可以这样描述：总共有200个包装单位，其中150个是纸箱，50个是木箱。或者，如果木箱的数量较少，可以注明“主要包装为纸箱，部分为木箱用于保护”。这样，新的产地证就能准确反映货物的实际情况，满足海关的审核要求。

总结来说，您需要联系申请机构，提供更详细的包装数据，然后由他们协助修改并重新提交产地证。在未来的操作中，对于存在多种包装的货物，建议在制作提单和产地证时，就分别列出不同的包装类型及其数量，避免此类问题再次发生。