当您发现FORM E产地证上的船期与实际提单上的船期不一致时，确实需要谨慎处理。通常，一旦FORM E产地证已经办理并签发，修改的可能性较低，因为产地证作为官方文件，一旦提交，其信息具有法律效力。然而，具体是否可以修改，需要根据实际情况判断，特别是船期延误的性质是否属于重大错误。

首先，船期延误是否属于重大错误取决于延误程度和影响。如果延误导致货物无法按计划在马来西亚完成清关或影响贸易合同履行，可能需要重新申请产地证。如果只是日期上的轻微差异，可能可以通过官方渠道进行更正。通常，您需要联系原办理机构，说明情况并提供新的提单或船公司证明文件，以证明船期变更。

在实际操作中，建议您立即与原货代或办理机构沟通，说明FORM E上的船期错误，并提交新的船期证明。他们可能会建议您向中国海关或马来西亚的相关检验检疫机构申请更正。请注意，更正可能需要重新提交申请并支付额外费用，且可能影响货物在目的地的清关进度。因此，及时处理至关重要，以避免不必要的延误或损失。