当您在办理贸促会认证时，遇到商业发票金额与报关单金额不一致的情况，这确实是一个比较棘手的问题。贸促会通常要求两者金额必须一致，以确保数据的准确性和真实性。因此，资料被退回是正常的处理流程。首先，您需要理解造成这种差异的常见原因，以便有针对性地解决问题。

通常，金额不一致可能源于以下几个原因：首先，计价货币不同。例如，商业发票可能使用美元报价，而报关单上申报的是人民币金额，由于汇率波动，两者金额自然会有差异。其次，费用包含方式不同。商业发票上可能包含了运费、保险费等，而报关单通常只申报货物的实际价值。再次，部分发货导致差异。如果货物分批次发货，报关单可能只列出了本次发货的金额，而商业发票是整个订单的总金额。最后，计算错误也是一个常见原因，可能是人工填写时出现了疏忽。

面对这种情况，您应该采取以下步骤来处理：第一步，核实原始数据。仔细核对您从供应商或客户那里获得的原始商业发票和报关单数据，确保数据本身是准确的。第二步，与贸促会沟通。这是最关键的一步。您需要联系当地贸促会的审核人员，清晰、详细地说明情况。向他们提供所有相关文件，包括原始发票、报关单以及任何其他证明文件。第三步，准备书面说明。如果贸促会要求，可以准备一份书面说明，解释金额差异的具体原因，例如“因汇率波动导致差异”或“发票包含运费，报关单仅申报货值”。第四步，根据指示操作。贸促会工作人员会根据您提供的信息，给出明确的指示。他们可能会要求您修改报关单金额，或者重新提交修正后的商业发票。请务必按照他们的指示进行操作，以确保认证顺利通过。

总结来说，贸促会认证对商业发票和报关单的金额一致性要求非常严格。当出现差异时，不要慌张。关键在于积极沟通，提供充分的证据，并按照贸促会的指导进行修正。通过合理的解释和正确的操作，通常可以解决这个难题，确保您的出口货物顺利通过贸促会认证，完成出口手续。