您提到的“巴林使馆认证-CO产地证”是一个常见的国际贸易文件。CO产地证，即一般原产地证明书，是证明货物原产地的官方文件，对于进入巴林等目的国具有至关重要的意义。而巴林使馆认证，则是将这份CO产地证在法律上认可，使其在巴林境内具有法律效力，是清关和享受关税优惠的必要步骤。您的情况是货物已开船，这意味着时间比较紧迫。

通常，办理这类认证需要提供商会出具的原始CO产地证，以及一些必要的补充文件。具体来说，您之前提到的商会认证，就是由出口地的商会（如中国国际贸易促进委员会）对CO产地证的真实性和准确性进行审核并盖章。而大使馆认证，则是将商会认证过的CO产地证，再提交给巴林驻华大使馆进行最终的法律认证。两者虽然都是认证，但认证主体和目的不同，前者是行业机构，后者是国家外交机构。

关于您询问的“代理出巴林使馆认证的CO产地证”问题，通常情况下，专业的报关或认证代理机构是可以提供此项服务的。即使货物已经开船，只要您能提供已开船的提单、装箱单等单据，以及已经由商会认证的CO产地证，代理机构通常能够协助您完成巴林大使馆的认证流程。这通常被称为“产地证补发”或“产地证加急认证”，具体能否办理以及所需时间，需要根据您提供文件的具体情况和使馆的当前工作安排来确定。

在处理这类业务时，有几个关键点需要注意：首先，您需要准备好所有必需的原始文件，包括已开船的提单、装箱单、发票，以及由商会出具的已认证的CO产地证。其次，代理机构会向巴林大使馆提交您的文件，并处理后续的领事认证事宜。通常，处理时间大约需要5-15个工作日，具体取决于使馆的效率。费用方面，除了认证本身的费用外，可能还需要支付代理机构的咨询和办理费用。建议您尽快与可靠的代理机构联系，提供详细资料，以便他们评估具体情况并给出准确的答复。