您遇到的这种情况在贸易中确实比较常见，涉及到原产地证和报关单上HS编码的匹配问题。核心在于，HS编码是海关分类商品的标准，其一致性对于确保贸易流程顺畅至关重要。

关于您的问题1，即已经签发的原产地证是否可以使用旧的HS编码来为客户清关，答案是存在风险，通常不建议这样做。虽然报关和客户清关是两个独立的流程，但海关在审核时，会关注单据之间的逻辑关系。如果原产地证上的HS编码与报关单上不一致，海关可能会质疑该商品的原产地资格，甚至可能要求重新申报或补税。为了最大程度地降低风险，最稳妥的做法是确保原产地证上的HS编码与客户报关单上使用的HS编码完全一致。这能证明您的货物在出口国符合原产地标准，并且符合进口国的监管要求。

对于问题2，已经申请并签发的原产地证是否可以修改，答案是通常情况下，一旦签发，文件即具有法律效力，修改流程非常复杂，并且通常需要支付额外的费用。原产地证签发机构（如中国海关）在签发后，一般不会为已签发的文件进行修改。如果确实需要更改，您需要向签发机构提交正式的更正申请，并说明原因。这个过程可能需要一定的时间，并且可能涉及费用。

总结来说，为了规避潜在的风险和合规问题，建议您在处理此类问题时遵循以下原则：

1. **保持一致性：** 在准备所有贸易文件时，确保HS编码在原产地证、报关单、商业发票等所有单据上保持一致。

2. **提前沟通：** 在更改HS编码前，最好与海关或原产地证签发机构进行确认，了解其政策。

3. **重新申请：** 如果HS编码必须变更，并且已经签发了原产地证，最可靠的方法是向原产地证签发机构申请重新签发一份新的、带有正确HS编码的原产地证，以避免任何后续的麻烦。