在申请FORM E原产地证时，生产企业指的是实际生产并完成最终加工的工厂。如果装柜在A厂，报检在B厂，需明确哪个厂是产品的最终生产地。通常，原产地证签发地为生产地，生产企业应填写实际完成生产加工的工厂。若产品在A厂完成最终加工，即使报检在B厂，生产企业应填写A厂。若B厂为生产厂，需确认产品是否在B厂完成生产。

原产地证与报检虽有联系，但属于不同单证。报检单主要用于向海关申报进出口货物，而原产地证用于证明货物原产国。两者企业信息应尽可能一致，但海关系统会根据申报数据进行匹配。若原产地证上的生产企业与报检企业不一致，海关系统可能触发审核，要求补充说明或提供证明，具体是否匹配不一致取决于海关政策及系统设置。

为避免海关系统因信息不一致而造成审核延迟，建议在申请前确认产品实际生产工厂，并确保原产地证和报检单上的企业信息一致。若确需在不同工厂进行装柜和报检，需向海关说明情况，并提供相关证明，如生产流程说明、工厂协作协议等，以证明产品生产过程的合理性。