您好，您遇到的情况在跨国贸易中非常常见。您作为东莞工厂，由台湾母公司接单生产，在出口时需要将台湾母公司名称显示在原产地证上，这是完全可行的。关键在于正确地填写和申请原产地证，并确保证书上的信息与您的贸易文件一致。

首先，需要明确原产地证上的两个核心角色：生产商和出口商。在您的案例中，东莞工厂是实际进行生产的地方，因此应作为生产商列在原产地证上。而台湾母公司是订单的接收方和最终的出口方，应作为出口商列在原产地证上。

针对马来西亚的出口，通常使用的是FORM E（东盟国家通用原产地证）。要实现您的目标，可以按照以下步骤操作：

1. **申请原产地证**：您作为东莞工厂（生产商），向当地海关（如中国海关）提交FORM E申请。在申请表上，请务必将台湾母公司的名称和地址信息填写为出口商。

2. **签发证书**：海关审核通过后，会签发FORM E原产地证。此时，证书上会同时显示东莞工厂（生产商）和台湾母公司（出口商）的名称。

3. **背书处理**：签发后的证书，由您（东莞工厂）在证书上加盖公章，并注明“背书”给台湾母公司。这一步非常重要，它表明您已将证书的权益转移给母公司，使母公司能够合法地使用该证书向客户或相关机构进行证明。

通过以上流程，最终获得的原产地证上，台湾母公司的名称将作为出口商清晰地列示，而东莞工厂作为生产商也同时被正确标注。这样，您的客户在马来西亚使用该证书时，就不会因为抬头不符而遇到问题。

需要注意的是，整个过程中，订单、装箱单和发票上的抬头信息必须与原产地证上的一致，以避免任何不符。如果需要，您可以咨询当地海关的官员，他们会提供更具体的指导，确保所有信息准确无误。