您的疑问非常典型。在印尼的进口清关流程中，关于印尼海关是否只承认海关签发的FORM E产地证，这确实是一个关键点。通常情况下，印尼海关对产地证明文件有非常明确的要求，他们更倾向于接受由官方机构直接签发的文件，以确保其真实性和有效性。

客户要求必须使用海关签发的FORM E，通常是为了确保能够享受最优惠的进口关税待遇。在印尼，不同来源的产地证可能会影响最终应缴的进口税额。贸促会（如中国贸促会）签发的FORM E虽然在国际上被广泛认可，但在印尼海关的特定语境下，其关税减免效果可能不如由印尼官方机构签发的文件。

那么，面对这种情况，您可以考虑几种解决方案。首先，最直接的方法是尝试从印尼的官方渠道获取一个海关签发的FORM E。这可能需要您与印尼贸促会或印尼海关直接沟通，了解其具体流程和要求。其次，如果直接获取有困难，您也可以考虑与客户进行更深入的沟通，解释情况，并探讨是否可以接受其他形式的证明文件，或者是否可以由印尼的代理机构协助处理。此外，了解最新的政策变化和具体案例也很重要，因为不同时期或不同商品类别可能会有不同的处理方式。

总而言之，虽然印尼海关对海关签发的FORM E有较高的认可度，但并非绝对排他。通过了解政策、与相关机构沟通以及与客户协商，您通常可以找到合适的解决方案，确保货物顺利清关并满足客户的进口要求。