您好，出口港和公司不在同一个地方是可以办理原产地证的。对于您的情况，出口公司位于宁波，但货物在青岛港出口，办理泰国FORM-E证书是完全可行的。这属于异地申办，需要您所在的宁波检验检疫机构与青岛检验检疫机构进行协调。具体流程如下：

1. 您的宁波公司需要向宁波检验检疫机构提交申请。在申请时，需要提供青岛港的提单、装箱单等单据作为证明，以证明货物确实在青岛港装运。

2. 宁波检验检疫机构审核您提交的材料后，会与青岛检验检疫机构进行信息核对和协调。一旦确认无误，就会为您出具原产地证（FORM-E）。

3. 获得证书后，您需要将FORM-E证书随附其他出口单据（如提单、发票等）一起提交给泰国的海关，以享受相应的关税优惠。

总结来说，只要您的宁波公司具备合法的出口资质，并且能够提供货物在青岛港的实际装运证明，那么在青岛港出口到泰国的鲜辣椒，完全可以代办原产地证。这个过程可能需要您和两个地区的检验检疫机构都进行沟通，但这是标准且可行的流程。