对于您的情况，办理FORM E产地证时，第三栏“运输方式”应填写为海运。这是因为FORM E产地证主要记录货物从中国（原出口地）出发的运输方式，而不是整个运输过程中的具体路径。虽然货物实际是从天津港出发，经香港中转，最终抵达印尼雅加达，但“运输方式”这一栏通常指的是货物离开中国国境的初始运输方式。因此，正确的填写方式是“海运”，或者更具体地，如果提单上明确标注了，可以写为“海运-海运”（表示从中国到香港，再从香港到印尼的海运）。这能确保产地证符合印尼海关对运输方式的要求，避免后续清关问题。

至于在香港转船出具的FORM E产地证对客户清关和退税的影响，通常情况下，对印尼的进口商而言，这不会产生任何影响。印尼海关在审核FORM E时，主要关注的是货物的原产地和运输方式，而转船信息通常不会作为影响清关的负面因素。然而，对于中国的出口商来说，需要特别注意以下几点：首先，确保所有出口文件，包括提单、舱单等，都清晰注明了转船信息，以避免中国海关在核查时产生疑问。其次，对于出口退税，转船通常不会改变货物的原产地，因此不会影响中国海关对出口退税的审核。总的来说，只要所有单据处理正确，转船不会对客户在印尼的清关或中国的退税产生实质性影响。

为了确保万无一失，建议您在办理FORM E产地证时，提供详细的运输路线说明。在填写“运输方式”时，可以注明“从中国天津港出发，经香港中转，最终运抵印尼雅加达”，这样既清晰又准确。同时，与您的船运代理保持密切沟通，确保所有运输文件（尤其是提单）的“Vessel Name”和“Voyage No.”等信息准确无误，这将为后续的清关和退税工作打下坚实的基础。