首先，FORM E 是印尼海关用于证明货物原产地并享受关税优惠的重要文件。通常，它是在进口环节由印尼海关签发的。而您提到的“原产地证”，通常指的是在出口国（即中国）办理的官方原产地证明书（如中国的一般原产地证，即C/O）。这两者虽然都用于证明原产地，但办理机构和流程有所不同。您现在的情况，客户要求提供的是印尼海关的FORM E，这通常是在货物进口到印尼后，由印尼海关根据您提供的出口国原产地证（如中国的C/O）来签发的。所以，流程上通常是先在国内办理好原产地证，再提交给印尼客户，由他们协助办理印尼的FORM E。

具体来说，办理流程可以分为两步：第一步，在中国办理出口国的原产地证。您需要准备出口合同、发票、装箱单、提单等文件，向中国出入境检验检疫局（或现在叫海关总署）申请并办理。这个原产地证是您出口货物享受优惠关税的证明，是必须的。第二步，将办理好的原产地证提交给印尼客户。客户收到后，会将其提交给印尼海关进行审核。

当印尼海关收到您提供的原产地证并审核通过后，他们会签发FORM E。这个FORM E是印尼海关出具的官方文件，证明货物原产于中国，并享受了最惠国待遇或普惠制等关税优惠。如果之前您的货物被征税，很可能是因为客户未能及时或正确地提供有效的原产地证，导致印尼海关无法为其签发FORM E，从而按普通税率征税。现在，客户要求提供FORM E，说明他们已经意识到问题所在，并希望解决。

针对您目前的情况，建议您立即向印尼客户索要FORM E的申请资料清单或表格。通常，印尼客户会负责向印尼海关提交申请。您需要确保提供的信息和文件（特别是您在中国办理的原产地证）准确无误。同时，也可以主动提醒客户，及时办理，避免货物再次被征税。整个流程的关键在于确保您在国内办理的原产地证信息完整、真实，并能够被印尼海关顺利审核通过，从而顺利签发FORM E。