在处理泰国Form E产地证及清关资料时，遇到“抬头一致”的问题非常常见。您的情况正是如此：作为广州的公司，通过深圳的贸易公司代办Form E，导致Form E上的shipper与提单的shipper出现不一致，进而引发对发票和装箱单抬头的疑问。这实际上触及了国际贸易单证中一个关键点——Form E产地证的shipper信息必须与提单的shipper信息完全一致。

首先，需要明确Form E中“shipper”的定义。通常，shipper指的是发货人，即实际将货物装上运输工具的人。而发票和装箱单上的“卖方”或“发货人”信息，可以与shipper不同。但在泰国，为了享受关税减免等优惠，Form E的抬头信息需要非常严格地与提单上的shipper保持一致。因此，当您作为广州公司，而贸易公司作为深圳公司时，直接导致了两者的shipper信息不匹配，这便是您遇到的核心矛盾。

针对这个矛盾，可以尝试以下解决方案。最直接的方法是修改提单的shipper信息，使其与Form E的shipper一致。如果无法修改提单，可以考虑在发票和装箱单上使用与Form E一致的深圳公司抬头，同时向清关部门提供您广州公司的证明文件，以证明您是实际发货人。不过，更常见的做法是，在发票上明确注明“由广州公司销售，由深圳公司代理制单”，并在装箱单上注明实际发货信息。关键在于，所有单证在海关审核时，能够清晰解释这种关联关系，证明货物确实由您公司发货，从而顺利清关。

建议您立即与货代和深圳的贸易公司进行详细沟通，明确告知他们您广州公司的身份以及需要保留的抬头信息。通常，贸易公司可以提供解决方案，例如在Form E和提单上使用一个“中间公司”作为shipper，但这个中间公司需要与您的公司有合法的代理或合作关系。最终，确保所有单证在海关面前能够自圆其说，证明货物确实由您公司发货，从而顺利清关。处理此类问题时，与单证制作方保持密切沟通，并准备好所有相关证明文件，是关键步骤。