在处理出口澳大利亚的货物时，如果一批货物包含多种产品，并且这些产品可能属于不同的优惠类别，那么开具中澳FTA原产地证时需要特别注意。您的问题核心在于，如何处理这批货物的原产地证明文件。

根据中澳自由贸易协定（FTA）的规则，当一批货物以同一提单或同一发票出口时，其对应的原产地证应覆盖整批货物。这意味着，即使其中只有部分产品符合关税减免标准，您也通常需要为所有产品都出具原产地证明文件。

这样做的原因在于，原产地证的效力是针对整批货物的。如果其中一种或几种产品不符合优惠标准，整批货物的优惠待遇可能会被海关拒绝。因此，为了确保关税减免的资格，最稳妥的做法是为所有产品都开具原产地证。

为了确保操作无误并符合海关要求，建议您咨询当地的中国国际贸易促进委员会（贸促会）或相关认证机构。他们可以提供最权威的指导，并帮助您正确填写和提交符合要求的原产地证。