在处理国际贸易时，遇到快递单和发票上的发货人信息不一致的情况，尤其是在办理原产地证时，确实会让人感到困惑。您描述的这种情况非常常见：货代使用其自己的信息在快递单上发货，但您的公司信息（如箱单和发票）才是与韩国客户进行贸易的实际信息。那么，在办理原产地证时，是应该按照快递单上的货代信息，还是按照发票上的公司信息呢？

首先，我们需要明确原产地证的核心作用。它是一份官方文件，用于证明货物是来自特定国家或地区，通常用于享受进口国关税减免、进行贸易统计或满足进口国的监管要求。从法律和贸易实践的角度来看，原产地证上的发货人信息应与贸易合同中的实际发货人保持一致。因此，最正确、最通用的做法是按照发票上的公司信息来办理。

原因在于，货代（如EMS）在物流环节中扮演的是运输和清关服务商的角色，而不是贸易合同的另一方。他们提供的是物流服务，而不是贸易服务。而发票是贸易合同的核心文件，它明确列出了买方、卖方（即实际发货人）以及货物的详细信息。所以，原产地证上的发货人信息必须与发票上的信息相匹配，以证明您公司是货物的实际出口方。

如果按照快递单上的货代信息来办理原产地证，可能会导致一系列问题。首先，这无法证明您公司是货物的实际发货人，客户可能会对文件的合法性产生质疑。其次，在进口国的海关申报中，发货人信息不一致也可能导致申报被拒绝或产生额外费用。因此，为了确保贸易的顺利进行和文件的合规性，必须坚持使用发票上的公司信息。

总结来说，当快递单和发票上的发货人信息不一致时，办理原产地证应遵循“以贸易文件（如发票）为准”的原则。货代信息主要用于报关和物流环节，不应作为原产地证的发货人信息。建议您在申请原产地证时，明确告知机构以发票上的公司信息作为发货人，并附上快递单作为物流证明即可。