您遇到的情况非常常见，也是许多国际贸易中需要明确的问题。对于您以新加坡公司名义出货，且所有关键单据（提单、发票、箱单）的shipper均为新加坡公司的情况，申请中国原产地证确实存在一定的挑战。根据中国海关的规定，通常情况下，申请出具中国原产地证的shipper需要是中国的企业。这是因为中国原产地证主要用于证明货物是在中国境内生产或制造的，其法律依据和目的与出口国的原产地证明有所不同。因此，当您作为新加坡公司作为shipper时，中国海关可能会认为货物并非来自中国，从而无法满足出具中国原产地证的基本条件。

那么，是否还有解决方案呢？最直接和有效的办法是，在货物出运前，将所有关键单据上的shipper信息更改为中国境内的实际发货人。这意味着您需要与中国的工厂或贸易商进行协调，由他们作为shipper，您作为中间商或代理。虽然这可能需要额外的沟通成本和可能产生的费用，但这是满足客户要求、顺利获得中国原产地证最稳妥的方式。您可以将此情况向客户解释，并请求他们理解并配合修改单据。

如果由于合同或操作上的限制，无法更改shipper信息，您可以考虑其他替代方案。例如，如果货物是在中国加工或组装的，可能需要申请其他类型的证明，如加工贸易证明。然而，对于从深圳到印度的一般贸易货物，这种情况较为少见。另一种可能性是，您的客户可能对原产地证明的类型有误解，他们可能接受的是新加坡的原产地证明（如Form E或Form F），而不是中国原产地证。在这种情况下，您需要与客户明确沟通，确认他们对于原产地证明的具体要求，以便选择正确的证明文件。

总结来说，以新加坡公司名义出货并希望获得中国原产地证，通常需要shipper信息与中国公司匹配。最可行的方案是协调修改单据，将shipper变更为中国境内的企业。如果无法更改，则需要重新评估客户对原产地证明的具体要求，并选择相应的证明文件。及时与客户沟通，明确双方对单据和证明文件的要求，是解决此类问题的关键。