您好，这种情况在海关清关时可能会遇到一些问题，需要谨慎对待。当代理公司（A公司）和实际受益方（B公司）的名称同时出现在原产地证抬头时，如果其中一方（B公司）未在商检局进行备案，可能会引发海关的质疑。

海关在审核时，会核对证书抬头与实际报关单、发票、装箱单上的公司信息是否一致。如果其他清关资料（如发票、装箱单）仅显示B公司抬头，而原产地证上却出现了代理公司A，这本身就是一个矛盾点。这种不一致性可能会被海关视为申报不实，导致货物被扣留，或者要求提供额外的证明文件，如B公司的备案证明、代理授权书等，以证明其有权使用该原产地证。

为了确保清关顺利，建议您采取以下措施：首先，核实B公司是否具备在商检局备案的资格。如果B公司可以备案，应确保所有单据上的公司抬头一致，即原产地证也只显示B公司。如果B公司因特殊原因无法备案，可以考虑由代理公司A作为申请人，在证书上仅显示A公司。但这可能意味着B公司无法享受优惠关税，或者需要向海关提供额外的证明材料，以说明代理关系和关税优惠的适用性。

总而言之，将未备案的公司作为原产地证抬头是存在风险的。客户在清关时可能会遇到障碍，需要额外的时间和精力去处理。为了规避风险，最稳妥的做法是确保所有单据上的公司信息与海关规定完全一致，特别是对于享受优惠关税的出口商，其备案状态至关重要。