您提出的这个问题非常关键，涉及到国际贸易中产地证使用的合规性和风险控制。在处理印尼FORM E产地证时，确实需要明确代理公司抬头与实际生产商信息之间的关系，以及一旦出现“退证查询”可能带来的连锁反应。

当印尼海关收到一份FORM E产地证后，会进行官方验证。如果海关系统发现第七栏的货描信息与实际出口货物信息不符，或者与印尼官方记录的出口商信息不一致，就会触发“退证查询”程序。此时，印尼海关首先会联系的是代理公司，因为代理公司的抬头信息是官方记录的。

在这种情况下，代理公司作为第一责任方，有义务核实货描中提到的实际制造商。如果代理公司无法联系上或核实到您（作为实际制造商）的信息，或者发现信息存在错误，那么代理公司可能会面临印尼海关的处罚，例如罚款或暂停其代理业务资格。最终，这种责任链条很可能会追溯到实际制造商您，因为货描明确指向您。虽然代理公司是直接的被调查对象，但您作为货物的实际生产方，信息准确性同样至关重要，一旦信息被质疑，您也会被牵连，并可能面临更严重的后果，例如货物被扣留、罚款甚至列入不良记录。

您提到的“互联网+海关”企业备案，对于确保产地证的有效性至关重要。完成备案意味着您的企业信息已被中国海关系统官方记录和认可。如果您的工厂没有完成此项备案，在出口业务中确实存在被退证查询的风险。因为海关在审核时，会以备案信息作为参考。没有备案，意味着您的企业信息不完整或不被官方认可，这本身就是一个风险点。在印尼，一旦产地证因信息不实被退回，除了对代理公司的处罚，也可能会对没有完成备案的实际制造商进行追溯，并可能采取更严厉的制裁措施。

综上所述，虽然印尼FORM E产地证上第一栏显示的是代理公司抬头，但第七栏的货描信息明确指向实际制造商。如果产地证被退回，代理公司会首先被印尼海关调查，并可能将责任追溯到实际制造商。您工厂没有完成“互联网+海关”备案，确实是一个需要高度警惕的风险点。建议您与您的代理公司充分沟通，并尽快完成相关备案，以确保出口文件的完整性和合规性，最大程度地降低被退证查询的风险。