首先，关于您提到的巴基斯坦提单上发货人必须与FTA原产地证上的出口商完全一致的问题。在大多数国际贸易中，海关当局为了确保货物来源和贸易流程的清晰，确实要求关键单据上的信息保持一致。如果Shipper和原产地证上的出口商信息不匹配，很可能会被清关人员视为异常，这确实有可能会导致清关延误或货物被扣留。因此，从理论上讲，您客户所担心的清关问题是有一定道理的。

您客户不接受双抬头FTA产地证，主要是因为国际物流和清关的惯例是，所有核心单据（如提单、发票、原产地证）上的关键信息（如Shipper、Consignee、出口商）应当保持一致。如果原产地证上显示的出口商是代理公司，而提单上显示的发货人是您的公司，这就造成了信息冲突。海关在审核时，可能会因为这种不一致而产生疑虑，担心货物并非由原产地证上标明的出口商实际出口，从而引发合规问题。所以，从客户的角度来看，坚持要求单据信息统一是合理的。

那么，如果您的公司没有自己的FTA原产地证系统，您是否可以委托我方（或您指定的机构）为您出具单抬头（即以您公司为出口商）的FTA原产地证呢？这通常是可以的。您需要向出具机构提供必要的证明文件，例如：1. 代理服务合同，证明代理公司有权代表您处理原产地证事宜；2. 您公司的官方发票；3. 贸易合同。通过提供这些文件，您可以将代理公司的信息作为中间方，最终获得以您公司为出口商的原产地证。这样，原产地证上的出口商就和提单上的Shipper完全一致了，可以满足客户的要求，确保顺利清关。

总结来说，为了确保顺利清关，最理想的方案是确保提单上的发货人与原产地证上的出口商信息完全一致。如果由于代理关系等原因无法直接做到，那么通过提供代理合同等文件，由代理机构为您出具单抬头原产地证，是一个有效的解决方案。这不仅能满足客户对单据一致性的要求，也能最大程度地降低清关风险。建议您尽快与您的代理机构沟通，并准备好相关证明文件，以便及时处理原产地证事宜。