在您问的这种情况下，即同时存在中澳自由贸易协定（CAFTA）和RCEP协定，出口澳大利亚办理哪种原产地证，关键在于选择能够为您提供最大优惠待遇的协定。根据国际惯例，通常会优先考虑能够获得最优惠关税的协定。由于中澳自由贸易协定通常为双方绝大多数产品提供零关税或低关税，而RCEP的关税减免幅度可能有所不同，因此，通常情况下，企业会优先申请中澳自由贸易协定的原产地证，以享受更低的进口关税。
然而，具体选择哪种原产地证，首先需要确认您的产品是否被列入了两个协定的受惠产品清单。每个协定的产品清单都有其特定的编码范围和规则。如果您的产品同时符合两个协定的原产地规则，并且都列在各自的清单上，那么就需要根据产品的具体税目来判断哪个协定的关税更优惠。
企业在申请原产地证时，需要向海关提供证明其产品符合特定协定原产地规则的证据。这可能包括生产过程记录、采购发票、加工记录等。海关会根据这些文件来判定产品的原产地，并决定适用哪个协定的关税待遇。
总结来说，当您出口到澳大利亚时，如果您的产品同时满足中澳自由贸易协定和RCEP协定的原产地要求，并且中澳自由贸易协定的关税更优惠，那么您应该申请中澳自由贸易协定的原产地证。这有助于您最大限度地降低进口成本，提高产品的市场竞争力。
不过，如果您的产品只符合RCEP协定的原产地规则，或者您有与RCEP其他成员国的贸易往来，那么申请RCEP原产地证也可能是一个选择。但通常，在CAFTA和RCEP同时适用的情况下，企业会倾向于选择关税更低的CAFTA原产地证。