您遇到的情况在贸易中并不少见。您有一批空运货已到，但原产地证（CO）尚未办理，导致客人清关时要求补充文件。这确实是一个需要及时处理的问题。

首先，需要明确原产地证的作用。它是一种证明货物原产地的官方文件，对于享受特定贸易协定下的关税优惠至关重要。在清关环节，海关需要核实货物的原产地信息，以确定适用的关税税率。

对于您的情况，好消息是，即使空运货已到，通常仍然可以办理原产地证。空运的运输周期通常比海运短，这为办理和签发提供了更多时间。关键在于，您需要确保在货物清关前或清关时能够及时提供有效的原产地证。

然而，如果原产地证办理得比较晚，可能会带来一些风险。例如，海关可能会要求对货物征收临时关税或提供保证金，直到原产地证被验证。如果最终无法提供或文件不合规，货物甚至可能被扣留。因此，建议您在货物到港后立即启动原产地证的办理流程。

为了确保顺利清关，您可以采取以下步骤：1. 立即联系原产地证签发机构，提交所需文件（如发票、装箱单、合同等）。2. 了解办理和签发所需的时间。3. 与收货人（客人）保持沟通，告知他们原产地证正在处理中，并预计的完成时间。

总结来说，虽然空运货已到，办理原产地证仍然可行，但需要迅速行动。及时处理可以避免清关延误和额外费用，确保货物能够顺利进入目的地市场。