印尼海关不认可FORM E，通常是因为货物在运输过程中出现了中转或转运的情况。虽然船只在香港停靠可能只是短暂的停留，但海关系统可能将其记录为非直接运输，从而对原产地产生质疑。FORM E作为原产地证明文件，其效力依赖于“直运”原则，即货物从出口国直接运往进口国。任何中转都可能被视为对这一原则的违反，导致海关要求提供额外的证明。

您提到的要求，即在中国检验（通常指中国出入境检验检疫机构，或其授权机构）的文件上加盖印章，是一种常见的解决方案。中国检验机构是官方的认证机构，其签发的官方原产地证明书（如C/O）在国际上具有很高的公信力，并且通常被印尼等目的地国家海关所认可。如果工厂自行签发的FORM E不被认可，通过中国检验机构重新认证并出具官方证明，可以有效地解决海关的疑虑。

操作步骤通常如下：首先，您需要将工厂已经签发的FORM E以及所有相关的出口单据（如发票、装箱单、提单副本等）整理好。然后，将这些文件提交给中国检验机构进行审核。审核过程中，检验机构会核实货物的原产地、出口商信息以及中转情况。如果一切符合要求，他们会出具一份带有其官方印章的FORM E或C/O。最后，您将这份新的、经过中国检验机构认证的文件提交给印尼海关，通常就能顺利通关。

总结来说，客户要求您在中国检验机构盖章，是为了获得一份官方认可的原产地证明，以应对印尼海关对货物中转的疑虑。这是一个标准的、合法的流程，旨在确保您的货物能够顺利通过海关检查。建议您尽快联系中国检验机构，了解具体的申请材料和流程，以便及时处理客户的请求。