首先，FORM E是越南海关用于证明出口货物原产地的官方文件。它对于出口商来说至关重要，因为它可以证明货物在越南生产，从而帮助客户在进口时享受优惠关税。通常，出口商或生产商需要亲自申请并提交相关文件。然而，由于企业可能没有足够的时间或专业知识，他们可以选择通过专业代理公司来代办。
关于您的疑虑，通过代理代办的FORM E产地证在越南海关通常是可以被接受的。只要代理公司是合法的，并且代办过程中提供了所有必要且准确的信息（如出口商信息、生产商信息、货物详情等），那么产地证上的信息就是真实且符合规定的。因此，只要代理公司操作规范，代办出来的FORM E产地证完全可以用于越南的清关流程，并且客户依然能够享受相应的关税减免优惠。