首先，代办澳大利亚原产地证通常不会影响企业自己申请退税。出口企业申请退税是基于其出口的货物符合相关贸易协定（如中澳自由贸易协定）的原产地规则。只要企业能证明其货物符合这些规则，并成功获得原产地证，那么退税申请的资格就不会因为代办而改变。

原产地证和退税是两个不同的流程。原产地证是用于证明货物原产国，以便在进口国享受优惠关税或配额。而退税则是国内税收政策，是对出口企业的一种鼓励措施。企业通过提供有效的原产地证作为证明，可以满足退税条件，获得相应的税收返还。因此，代办原产地证主要是为了确保企业能够顺利通过进口国的海关检查，并最终获得退税资格，它本身并不构成退税申请的障碍。

不过，需要注意的是，如果代办机构提供的信息或文件不真实，可能会给企业的退税申请带来风险。例如，如果原产地证信息错误，可能导致海关质疑，甚至影响企业的信用记录。因此，选择一个信誉良好、经验丰富的代办机构至关重要。但只要代办过程合法合规，企业自身的退税权益是受到法律保护的。

总结来说，企业可以放心委托专业机构代办原产地证，这通常能节省时间和精力，确保文件准确无误。企业应将代办服务视为优化出口流程、保障退税权益的辅助手段，而不是影响其退税资格的根源。企业自身的退税申请，仍然需要根据国内税务局的规定，提交完整的资料和证明文件进行审核。