首先，需要明确的是，产地证和提单上的发货人（Shipper）信息不一致，在出口业务中是完全可能的，尤其是在您选择通过专业代理公司处理时。这通常并非因为香港公司“不能做”FORM A，而是因为代理公司的角色和操作流程导致的。

具体来说，代理公司（例如报关行或货运代理）通常负责处理提单的签发。在这种情况下，实际发货人（即您的香港公司）和提单上的发货人可能不是同一个实体。例如，您的香港公司作为出口商，将货物交给代理公司，由代理公司向船公司订舱并签发提单。因此，提单上可能显示代理公司为发货人，而产地证上则由香港公司直接开具，注明实际发货人。

为了确保顺利通关，关键在于与代理公司进行清晰、明确的沟通。在委托代理办理业务时，应明确告知他们您希望保持发货人信息的一致性。通常，代理公司会根据您的指示来处理，例如在提单上填写您的香港公司信息。同时，在最终提交给日本海关前，务必核对产地证和提单上的发货人信息，确保与您的出口申报信息完全匹配，以避免任何潜在的查验或延误。

关于香港公司能否开具FORM A，答案是肯定的。只要您的香港公司是实际出口商，具备出口资质，就可以自行或通过代理公司向相关机构申请办理FORM A。代理公司可以协助处理FORM A的申请和核签流程，但最终签发的产地证上，发货人信息应与您香港公司的注册信息一致。

总而言之，产地证和提单shipper不一致并非不可接受，但需要通过专业的代理服务和严谨的文件核对来管理。选择信誉良好、经验丰富的代理公司，并保持良好的沟通，是确保您的出口货物顺利抵达日本的关键。