您的情况很常见。韩国客户要求提供中韩产地证FTA，但贵公司又没有在商检局和贸促会备案，因此考虑通过第三方代理公司代办。这种情况下，将第三方作为发货人（O/B），而实际发货人是贵公司，客人能否顺利清关，需要从几个方面来分析。

首先，中韩产地证（即FTA原产地证书）的出具要求通常规定，发货人和收货人可以是同一实体，也可以是不同实体。若两者不同，通常需要提供证明二者存在关联关系（如母子公司、贸易代理等）的文件。如果贵公司选择第三方作为O/B，就需要向贸促会或商检局提供一份正式的代理协议或委托书，以证明这种关系。

其次，信用证的审核原则是“单证相符，单单相符”。银行只根据提交的单据进行审单，而不关心实际贸易关系。如果信用证或合同中明确要求发货人为贵公司，而您提交的单据上却是第三方，这就会构成单证不符点。银行有权拒绝付款或要求修改单据，这会直接导致交单失败。

再次，从韩国海关的角度看，虽然信用证不禁止第三方单据，但海关在清关时可能会要求提供证明第三方与贵公司之间关系的文件。如果这些文件不完整或不被海关接受，货物就有可能被扣留或导致清关延误。因此，使用第三方作为O/B，存在一定的风险，特别是不符点风险和清关风险。

综合来看，虽然通过第三方代办可以解决备案问题，但并非最佳方案。建议您首先尝试为贵公司进行备案。如果实在无法备案，那么必须与第三方代理公司签订正式、详尽的代理协议，并在产地证上清晰注明“由XX公司（第三方）作为代理，实际发货人为贵公司”等字样。同时，务必确认韩国客户对这种单据的接受程度，并准备好所有可能需要的证明文件，以降低风险。

结论是，这种做法理论上可行，但操作上需要非常谨慎，并且存在潜在的不符点和清关障碍。建议优先考虑为贵公司备案，这是最稳妥的方案。