根据中韩自由贸易协定（中韩FTA）的规定，原产地证通常具有明确的有效期，一般为一年。您遇到的这种情况，正是由于该规则导致。当证书在有效期内被使用后，一旦超过一年，它就自动失效，并进入“退证”处理流程。证书商检局在审核时，明确指出“有效期只有一年”是拒绝补办的关键原因。这意味着，对于超过一年的旧证，直接“补办”是不被允许的。

那么，在这种情况下，您应该怎么做呢？首先，需要明确“补办”和“退证”的区别。补办通常指的是在原证有效期内，由于遗失、损坏等原因，向证书签发机构申请重新出具。而“退证”则是由于原证过期失效，需要根据原出口合同重新申请一份新的原产地证。由于您的旧证已经超过一年，属于“退证”范畴，因此需要按照新的流程处理。

要处理这种情况，您应该首先检查与韩国客户签订的原出口合同是否仍然有效。如果合同仍然有效，并且出口的商品在原产地标准上没有发生重大变化，那么您可能需要向证书商检局提交新的申请，并提供原合同作为依据。然而，这需要满足严格的条件，比如原合同中规定的商品描述、数量、金额等与您现在要补办的货物必须完全一致。

如果原出口合同已经失效，或者出口的商品与原合同中描述的商品存在显著差异，那么重新开具新的原产地证是唯一选择。在这种情况下，您需要与韩国客户重新确认商品信息，并可能需要签订新的合同。同时，您也应该与韩国客户沟通，解释中韩FTA原产地证的有效期规则，并说明由于旧证已过期，无法直接补办，只能重新申请。这有助于避免未来的纠纷。