对于您的情况，中澳FTA产地证在货物已经到港后，通常是可以继续办理的。这被称为“后签”或“补签”产地证。由于产地证是证明货物原产地的官方文件，而货物已实际到达澳大利亚港口，签发机构可以根据到港信息进行核实和签发。

办理此类产地证需要您提供详细的货物信息，如货物的详细描述、HS编码、发货人信息、收货人信息以及提单号等。签发机构会根据这些信息来确认货物的原产地是否符合中澳FTA的规则，并最终签发产地证。签发后，您需要将产地证及时提交给澳大利亚的海关进行清关。需要注意的是，如果货物在到港前已经完成了部分清关流程，可能需要与海关进行沟通，以确保产地证的提交不会影响已进行的清关步骤。建议您立即联系您的报关行或产地证签发机构，提供所有必要的文件和信息，以便他们能够高效地为您处理。