关于您提出的中澳FTA产地证发票号码问题，这是一个非常实际的操作难题。通常情况下，中澳FTA产地证在填写时，发票号码一栏是只能填写一个的。这是因为产地证主要用于证明整批货物的原产地，而发票则用于证明每批货物的具体价值和交易细节。

对于您的情况，即几批货物合并开具一份产地证，最普遍且被接受的解决方案是在产地证上注明“合并发票”或“总发票”。这意味着您可以将所有分批出货的发票汇总，并开具一张总发票。在填写产地证时，将这张总发票的号码填入发票号码栏。同时，为了确保海关的清关效率和真实性，您通常需要将所有原始发票的副本作为附件一同提交。

这样做的好处在于，既满足了产地证上“单一发票号码”的要求，又能够准确反映整批货物的交易情况。建议您在操作时，明确在产地证上标注“合并发票”字样，并在报关时向海关提供所有分批发货的原始发票作为证明文件。这通常会被海关接受，并有效降低您的成本和时间消耗。