根据您描述的情况，通常情况下，两家工厂的货物拼柜出口，产地证是可以合并出一份的。这是因为产地证的出具方是提单上的shipper，也就是您的公司。客户要求产地证与提单保持一致，意味着所有货物都由您公司作为出口商。

具体操作上，您需要确保在申请或填写产地证时，将所有货物的信息（包括来自不同工厂的产品）汇总在一起。在填写产地证时，将出口商一栏明确填写为您的公司名称，并注明所有货物的总数量和总金额。这样，一份产地证就可以涵盖所有拼柜内的货物。

不过，在实际操作中，需要确认以下几点：首先，您需要检查产地证的格式和内容是否允许合并。其次，确保所有货物的信息准确无误，包括品名、数量、单价等。最后，如果客户对合并的产地证有特殊要求或需要额外证明，可能需要提供补充说明或文件。

总结来说，只要所有货物最终由您的公司作为出口商，并且产地证的格式允许，那么两家工厂拼柜出货是完全可以合出一份产地证的，这也能满足客户与提单保持一致的要求。