是的，一个货柜里的货通常可以办理多份原产地证明。这主要取决于您的报关和发票情况。在印尼，原产地证明（如FORM E）通常与报关单和商业发票直接关联。如果您的货物虽然都在一个集装箱内，但分属不同的发票，那么就可以申请多份原产地证明。

具体操作上，您需要为每一批货物准备一套完整的单据。这意味着，对于每一份FORM E产地证，您都需要提供一份对应的报关单和一份商业发票。虽然货物都在同一个货柜里，但只要发票和报关单是分开的，就可以视为不同的批货物，从而开具多份原产地证明。

需要明确的是，虽然货物都在一个集装箱内，但原产地证明的“批”是指与一份报关单和一份发票相对应的货物。如果所有货物使用同一张发票，那么即使品名不同，通常也视为同一批货物，可能需要开具一张原产地证明。不过，对于品名非常杂的货物，海关和认证机构通常允许根据发票进行拆分，以简化申报和审核流程。

总结来说，一个货柜内的货物是否可以开具多份原产地证明，关键在于您是否为每一份证明提供了独立的报关单和发票。建议您在准备单据时，将品名相近或属于同一类别的货物归类到同一份发票下，以简化流程，但根据您的描述，分开处理也是完全可以的。通常情况下，只要您的报关和发票操作规范，海关不会对这种情况有异议。