您遇到的情况是当前国际贸易中一个常见的调整。关于您代理公司提出的“FTA原产地证不能OB双抬头”的说法，这背后有官方规定和操作习惯的变化。传统上，原产地证第一栏会同时出现代理公司（O/B）和出口商的抬头，以明确出具方和实际发货人。但现在，为了更清晰地界定角色，官方更倾向于将出口商的名称放在“货描”或“商品描述”部分。这并非意味着不能显示您的公司抬头，而是将“O/B”字样从主抬头位置移开，以避免信息混淆。

那么，如果原产地证上没有“O/B”字样，Shipper（发货人）只显示代理公司，是否会影响目的港清关呢？这需要从清关的视角来分析。通常，这本身并不会直接导致清关失败，但可能引发海关的额外审查。海关主要关注的是货物的原产地是否与原产地证上所证明的一致。将您的公司抬头放在“货描”中，实际上是一种更规范的表示，它明确地指出了货物的所有者。海关在核对发票、提单和原产地证上的信息时，会检查这些信息是否一致。如果所有单据上的出口商名称都匹配，清关流程会顺畅。但如果出现任何不一致，海关可能会要求提供工厂注册证明、更详细的发票或其他证明文件，以核实货物的实际来源。

总结来说，将您的公司抬头显示在“货描”下是符合当前操作规范的，并且通常不会对目的港清关造成负面影响。关键在于确保所有单据（如商业发票、提单、原产地证）上的信息完全一致。这样做可以最大限度地减少海关的疑问，确保您的货物能够顺利通过目的港的清关检查，并享受FTA带来的关税优惠。建议您与您的代理公司确认，他们出具的原产地证在“货描”部分是否完整、准确地列出了您的公司信息，以避免任何潜在的细节疏漏。