根据您的情况，FORM E的发货人完全可以是香港公司。实际上，在出口业务中，为了方便客户收汇或处理某些税务事宜，使用与合同和提单上不同的公司作为发货人（即申报企业）是很常见的做法。您的香港公司作为发货人，完全符合这一惯例。

具体来说，FORM E（出口货物原产地证明书）的签发主体是出口商（发货人），签发地点为发货人所在地或报关地。因此，您应使用香港公司的信息进行申请。在办理时，需要确保所有提交的文件，包括商业发票、提单、装箱单等，其抬头和公司信息与香港公司保持一致。这样，海关审核时就能确认您所申报的发货人信息与实际出口情况相符。

办理流程通常如下：首先，登录中国国际贸易“单一窗口”或当地海关的官方系统，选择相应的原产地证申请功能。然后，根据系统指引，填写香港公司的详细信息，上传相关单据。海关审核通过后，会签发FORM E。签发后，您可以将FORM E正本或副本提供给泰国客户。

需要注意的是，虽然香港公司可以作为FORM E的发货人，但必须确保整个出口流程中的信息一致性。例如，如果合同和提单上的公司是南京公司，而FORM E上的公司是香港公司，那么在发票和提单上也需要相应地使用香港公司的信息，以避免因单据不符而造成不必要的麻烦。反之亦然。只要在签发FORM E时，其申报的发货人信息与您在海关系统上提交的信息一致，并且所有单据也匹配，就完全可以满足泰国客户的要求。