关于FORM E原产地证金额与报关金额是否一致的问题，FORM E原产地证金额通常应与报关金额保持一致，因为原产地证是证明货物原产国和实际交易价值的官方文件。在文莱，作为FORM E的进口国，海关通常要求原产地证上的金额与报关单上的金额相符，以确保贸易申报的准确性和合规性。

如果客户要求将原产地证金额做低，可能存在申报不实或规避关税的嫌疑，这可能导致货物被扣留、罚款，甚至影响企业的信用记录。因此，金额不一致可能对清关和贸易关系产生负面影响。在申请原产地证时，金额应严格根据实际报关金额填写，避免后期因金额不符而引发问题。

若已经办理的原产地证金额与报关金额不一致，且客户坚持要求修改，建议首先确认文莱海关对FORM E金额的具体要求。通常情况下，原产地证金额必须与报关单金额一致，否则可能被拒绝。如果确实需要调整，可能需要重新申请，并承担相关费用和延误时间。为了避免此类问题，建议在办理原产地证前，仔细核对报关单金额，确保与原产地证要求一致。