您遇到的这种情况在出口贸易中比较常见，核心问题在于FORM E产地证的抬头与提单抬头不一致，导致客户在清关时要求一致。这确实是一个需要厘清的细节问题。

首先，需要明确的是，根据中国海关总署的规定，FORM E产地证的抬头应填写为出口商，也就是您宁波公司的名称。这是官方文件中明确要求的，用于证明货物是由您公司出口的。因此，代理公司认为第一栏不能显示您公司抬头的说法，很可能是不准确的。

客户要求清关资料抬头一致，主要是为了简化海关审核流程，确保所有单据的来源和责任主体统一。如果产地证抬头与提单不一致，海关可能会质疑货物的真实流向，增加审核时间，甚至导致清关延误。所以，从客户的角度看，这是有道理的。

面对这种情况，您有几种选择：首先，您可以与负责办理FORM E产地证的代理公司进行沟通，明确告知他们官方规定，要求他们按照您公司的抬头进行填写。通常情况下，正规的代理公司会配合。其次，如果代理公司坚持认为无法更改，您需要向客户解释情况，说明这是官方格式，但会确保所有文件抬头最终与您公司一致。最后，如果客户非常坚持，您也可以考虑更换一家更了解当地海关要求和文件格式的代理公司，以避免此类问题。

总结来说，FORM E产地证的抬头必须与提单的发货人（即您宁波公司）保持一致。这是符合官方规定的，也是客户清关时普遍期望的。建议您优先与代理公司沟通，确保文件正确填写，以顺利通过马来西亚海关的清关流程。